小昭寺坐落在拉萨古城以北，与大昭寺相距约1千米。相传与大昭寺同时开工，同时竣工，同时开光，占地4000平方米。 
    小昭寺创建于公元7世纪中叶，香火延绵已逾千年。相传唐文成公主入藏时带了一尊释迦牟尼十二岁等身赤金像，行至现在的小昭寺时，木车陷入沙地中。公主通过历算，决定把释迦牟尼佛像安放此处供奉，遂建小昭寺。这座寺庙由文成公主主持修建、并由公主从内地带来的建筑师修建的，所以小昭寺的早期建筑系仿汉唐风格。大门朝东，以寄托这位公主对家乡父母的思念。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格也是汉藏合璧。 
    寺庙取名"甲达热木齐祖拉康"，意为"汉虎神变寺"。拉萨当地人管这儿叫做"热木齐"，意思就是"汉人的"。后几经火焚，现存的小昭寺为晚期作品，是黄教格鲁派上密院的修法之地。小昭寺是汉语称谓；小，是与大昭寺相对应而言；昭，是藏语"觉卧"的音译，意思是佛。寺内供有释迦牟尼八岁等身赤金像及众多的佛像和唐卡等。1962年被列为自治区重点文物保护单位。 
    小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云及珠宝、六字真言。顶层是汉式金瓦，金光闪闪，凌空摩天，拉萨各个方位均能看到，蔚为壮观。 
    小昭寺主神殿原来主供文成公主从长安带来的释迦牟尼12岁等身像，是西藏最珍贵的历史文物。大昭寺主神殿原来主供尼泊尔尺尊公主从加德满都带来的释迦牟尼8岁等身像。公元8世纪，唐金城公主入藏后，文成公主带来的释迦牟尼佛像被移至大昭寺，而尼泊尔尺尊公主带来的另一尊释迦牟尼佛像被移至小昭寺，成为小昭寺的主圣。 
    如今，著名的拉萨上密院也设在小昭寺内，这是格鲁派僧人研读佛经颇有成绩的喇嘛进一步深造、修习密乘的地方，上密院堪布兼任小昭寺主持。